자연의학에 대해 한 마디로 정의하기는 어렵다. 그러나 세간의 의견을 종합해 한마디로 요약하면 ‘병을 병 자체로만 보지 않고 병을 가진 사람의 몸 상태를 조화롭게 살피는 통합적인 차원의 의학’이다. 자연의학은 증상만을 없애는 데에 초점을 두지 않고 몸의 치유력을 높여 병을 예방하고 건강을 유지, 증강시키는데 주력한다. 이렇듯 건강에 대한 다른 시각의 접근을 추진하고 있는 자연의학은 정식 교육과정에 포함되지 못한 채 민간요법 정도로만 치부돼 왔던 것이 사실이다. 결국, 자연의학은 서양의학이나 한의학에서 치료 방법을 찾다가 갈데까지 간 이들의 건강을 되찾아주는 ‘소방수’의 역할을 하고 있다.
자연의학 교육원의 김광윤 원장은 “지금 현재 의료계에 는 자연의학부 가없다”며, “자연의학은 자연의 순리에 의해서 병원에서 못 고치는 크고 작은 모든 병 을 고칠 수 있다. 하지만, 환자를 직접적으로 치료하는 것은 의료법상 허가받은 의사가 아니고는 위법이기 때문에, 치료할 수 있는 행위를 환자의 동의하에 가르쳐주기 위해서 자연의학교육원을 설립했다”고 설립동기를 밝혔다.